Trường hiện nay có 07 khoa ngành bao gồm Khoa Quản trị kinh doanh, Khoa Kỹ thuật điện, Kỹ thuật điều khiển và tự động hoá, Kỹ thuật cơ điện tử, Kỹ thuật phần mềm, Mạng máy tính và truyền thông dữ liệu, Khoa Điều dưỡng.

Khoa Quản trị kinh doanh Becamex (Becamex Business School) đào tạo các chuyên ngành sau ở trình độ đại học và cao đẳng: Tài chính, Kế toán,Tiếp thị, Quản lý nguồn nhân lực, Quản lý chuỗi cung ứng, Quản trị nhà hàng - khách sạn. Chương trình đào tạo chuyên ngành của Khoa Quản trị kinh doanh được dạy hoàn toàn bằng tiếng Anh.

Khoa Kỹ thuật đào tạo các chuyên ngành sau ở trình độ đại học và cao đẳng: Điện – Điện tử, Tự động hóa, Cơ điện tử, Truyền thông và mạng máy tính, Kỹ thuật phần mềm.

Khoa Điều dưỡng đào tạo chuyên ngành Điều dưỡng ở trình độ đại học và cao đẳng.

Ngoài ra Trường còn có một trung tâm Ngoại ngữ và đào tạo quốc tế với 100% giảng viên là người bản xứ, một trung tâm Nhật ngữ và Toán học phục vụ nhu cầu học ngoại ngữ của sinh viên và cũng như các đối tác của trường.

Trường Đại học Quốc tế Miền Đông là trường Đại học đầu tiên ở Việt Nam được Bộ GDĐT cho phép đào tạo theo hệ tín chỉ với hình thức 3 học kỳ chính một năm tạo điều kiện thuận lợi cho việc đồng bộ với các chương trình đào tạo quốc tế. Trường cam kết nỗ lực đảm bảo chất lượng đào tạo của sinh viên khi tốt nghiệp sẽ đạt những tiêu chí về chuẩn đầu ra Trường đã công bố công khai trên website của Trường. Sinh viên của Trường khi tốt nghiệp phải đảm bảo trình độ Anh văn tương đương với IELTS 6.0.

Học bổng dành cho sinh viên EIU

Hàng năm, Tổng Công ty Becamex IDC (chủ đầu tư của EIU) có nguồn hỗ trợ tài chính để làm Quỹ học bổng dành cho sinh viên EIU có thành tích xuất sắc trong học tập như: Học bổng dành cho sinh viên thủ khoa các Khoa, học bổng President’s List (học bổng từng năm học), học bổng Dean’s List (học bổng từng học kỳ), học bổng tiếng Anh… Các doanh nghiệp VN và nước ngoài cũng chung tay góp sức tài trợ cho Quỹ học bổng của EIU bằng các hình thức như trao học bổng tài chính, tặng trang thiết bị phục vụ đào tạo…